Точкой отсчёта в рождении музея послужил так называемый «Тихомировский проект», реализуемый с 2003 года в школе №132 (сейчас – гимназия № 17). По словам руководителя нашего музея Яковлевой Людмилы Демьяновны, интерес к личности Н.М. Тихомирова в школе возник зимой 2003 года во время подготовки к городскому интеллектуальному краеведческому конкурсу, посвященному 110-летию Новосибирска. Посещение экскурсии в соборе Александра Невского завершилось приобретением книги Анатолия Брата «Звезды светят из прошлого». Содержание книги шокировало восьмиклассников, входивших в состав творческой группы, которая в течение года готовилась к городскому конкурсу. У ребят возник стойкий интерес к судьбе Н.М. Тихомирова. В 2003 году именно они нашли его могилу на Заельцовском кладбище и начали ухаживать за ней, а позже и за могилами вдовы и дочери инженера-путейца.
Это был подготовительный этап, который продолжался 5 лет до открытия музея «У истоков города».В течение этого времени велась исследовательская работа, которую проводили выпускники 2004-2008 гг.: Иванова Екатерина, Емельянова Галина, Сырченко Маргарита. Благодаря этому была исследована полностью биография Николая Михайловича Тихомирова, инженера-путейца, имя которого в советское время было незаслуженно вычеркнуто из истории нашей области. Работа в различных архивах с июля 2004 до августа 2008 гг. (ГАНО, ГАТО, НГА), помогла членам краеведческого проекта проследить отдельные этапы жизни членов семьи Тихомирова. За указанный период была проведена систематизация около 200 архивных документов и материалов, что позволило дополнить биографию Тихомирова некоторыми фактами: постройка Западно-Сибирской железной дороги в 1893-1896 гг. (в участках Каргат-Кривощёково и Екатеринбург-Челябинск), возведение последнего пролета моста через Обь, руководство строительством собора Александра Невского, создание в поселке Добровольного пожарного общества, награждение орденом святой Анны III степени.
Проделанная краеведами школы № 132 работа вызвала интерес общественности и СМИ, что позволило 4 ноября 2006 года увековечить память данного человека для всего Новосибирска, установив памятный камень возле Собора Александра Невского и мемориал в Заельцовском кладбище (16 ноября 2010 года). Ход краеведческого детектива нашел отражение в семи публикациях газеты «Вечерний Новосибирск» (в соавторстве с корреспондентом газеты – Валерием Мельниковым). Примечательно, что наша школа находится рядом со станцией Новосибирск-Западный (историческое название – Кривощеково), через которую проходит Великий Сибирский путь, этот участок возводил инженер Тихомиров. Эту тонкую нить, связывающую нашу гимназию с историей России и Новосибирска, мы подчеркиваем во время экскурсий.
Таким образом, краеведческий Тихомировский проект стал основой для открытия в нашей школе музея «У истоков города» и развития в дальнейшем научной лаборатории, обеспечивающей эффективность его работы.